巢穴中的怪物区别于野怪，不但经验比同级别怪物可观许多，还可以爆出装备和技能书，更能加声望，一举多得。如此，他们比起同等级的怪物来说，自然要强大数倍，因此玩家不必只身独闯龙穴，可以与朋友组队或者是加入一支团队杀向巢穴深处。
当然，帝国中的巢穴是按照等级划分，不同等级的巢穴怪物威胁自然不尽相同。在应对低等级巢穴时并不需要玩家编队，单英雄不带兵都可以肆意蹂躏，但是经验值少得可怜，往往只有几百到上千。然而低等级巢穴能掉一些初级的技能书和初级的紫色装备，所以玩家一般采取多组编队同时开战，这样的好处是掉宝率大大增加，万一人品爆发有可能多个英雄同时刷到紫色装备。更有甚者用7,8个英雄日夜刷，在帝国中被戏称为“专业杀猪队”。
20-40级巢穴就稍微有点挑战，不过就算是一个低等级英雄，只要带上一些兵(主要是弓箭手)，还是可以轻松搞定的，一般推荐新出生的英雄带兵练级用。需要说明的是，英雄要注意控制血量，多带点血瓶，如果能学习一下卡位就更好了。大部分玩家沉迷于刷50级-60级巢穴，主要是期望得到50级左右的紫色装备，巢穴的等级越高掉的装备属性也越高，如果人品稍差，退而求其次能刷到个月光宝盒也不算差，这里推荐多带帝国弓刷。
60级巢穴以上就果断组队吧，自己组队也好，别人组队也好。玩家集结队伍开往巢穴以后，自己创建军团或者加入一个已组建好的团队。在《帝国文明》中，巢穴允许一个编队3个英雄同时进入，3英雄可以属于同一玩家，也可以分属于三个玩家，因此给刷巢穴带来了很多种可能。
与单打独斗所不同的是，组队作战不但可以在操作上更加轻松，而且胜利之后赢得的奖励也更为丰富，巢穴中组队作战获得的装备也将额外增加，更重要的是，组队作战还可以享受经验值加成。而要想赢的干净利落，组队双方玩家必须同仇敌忾，奋勇杀敌。另外，在巢穴战场中兵种的搭配是关键，不同玩家所携不同兵种配合进攻才能确保万无一失。这也让战争策略游戏突破了原先各自博弈的玩法，让玩家操控英雄率领军队聚集起来组队战斗，颇有味道。
对于等级更高的巢穴，组队前去挑战的玩家更需众志成城，步步为营。据说到了100级巢穴，保守估计至少需要玩家携带4000+的特种远程兵，比如波斯像，罗马角斗士，中国诸葛弩，埃及双轮车等，且三个力量型英雄都在70级以上才有可能挑战成功，而战前必须做好损失1-2个英雄的心理准备。就算需要这样的代价，部分玩家还是愿意去尝试，甘愿去冒成为炮灰的危险，因为90紫装的诱惑确实太大，以至玩家们毫不犹豫的“明知山有虎，偏向虎山行”了。
